在留資格変更許可申請が不許可となる場合は、在留期間の満了日翌日からオーバーステイであったことが確定します。しかし、通常は、在留資格変更許可申請が不許可の見込みとなった場合、出国準備のための活動を指定された「特定活動」への変更を勧められます。その場合は、変更が許可される場合と同様に在留期間の満了日の翌日から新しい在留資格である「特定活動」の在留期間を付与される扱いとなるので、事後的にオーバーステイ期間がなかったものとする処理がされています。
また、在留資格変更許可申請中に在留期間が満了し、その後、申請が許可される場合には、新しい在留資格は以前の在留資格の在留期間と連続するように処理されます。
